Ева со своими детьми, Томми и Шарлоттой, возвращалась домой. Подустав, они остановились у заброшенного дома передохнуть. Дети кинулись осматривать дом, а Ева задремала. Проснувшись, она обнаружила, что детей нигде нет. Оказывается, они разбили волшебное зеркало, и в наказание оно отправило их в параллельный мир. Повелитель зазеркалья готов вернуть их матери, если она исправит все, что они натворили.
В игре зеркало тайн вы будете путешествовать по мирам, подвластным зеркалу, чтобы навести в них порядок. В мире гигантских часов, например, вы будете собирать шестеренки с мышками-механиками, чтобы починить старинные куранты. Также в тронном зале нужно будет отремонтировать камин, башни украсить флагами, долепить снеговика и отогреть последнюю розу, что растет в саду, чтобы король помирился с королевой и в Замерзший мир вернулось тепло. В Мире гномов предстоит сражаться с древним злом, что из подземелья вырвалось на свободу, а в Игрушечном мире залатать аквариум, в котором образовалась трещина, и накормить рыбку.
Жители миров тоже не останутся в долгу и отыщут для вас все осколки разбитого зеркала, и тогда вы сможете восстановить его. В каждой локации ищите все предметы, которые указаны внизу экрана. Какие-то предметы можно будет разместить по местам сразу же - например, расставить кувшины на камине в комнате королевы или разложить посуду и продукты на кухне у забавного фавна Рупито. Некоторые предметы, которые пока останутся в панели инвентаря, вы сможете использовать позже. С помощью лупы можно рассмотреть что-либо поближе. Если вы поможете Еве выполнить все задания и собрать все зеркальные осколки, повелитель зеркала освободит ее детей, и они смогут вернуться домой здоровые и невредимые.